Ambientada en la prefectura oriental japonesa de Ibaraki, Agukaru se centra en Sanae Baraki, la hija de un granjero que puede ver espíritus. Cada día trabaja en su campo junto a estos espíritus para producir los mejores productos agrícolas. Sin embargo, hay un grupo que pone sus ojos en ese campo. Con la bendición de la tierra, se transforma en el Ángel de la Agricultura, Baraki.