Japón está secretamente controlado por un grupo tiránico de ninjas llamado los Shinogara. Su mejor asesino es un hombre llamado Hayate Kanuma, cuyo padre lidera los Shinogara. Sin embargo, Hayate sabe que el control de la sociedad secreta sobre Japón está mal. Sacrificando su propia seguridad, Hayate mata a su padre. Ahora está huyendo, sin tener casi ningún lugar seguro de sus antiguos camaradas

Japón está secretamente controlado por un grupo tiránico de ninjas llamado los Shinogara. Su mejor asesino es un hombre llamado Hayate Kanuma, cuyo padre lidera los Shinogara. Sin embargo, Hayate sabe que el control de la sociedad secreta sobre Japón está mal. Sacrificando su propia seguridad, Hayate mata a su padre. Ahora está huyendo, sin tener casi ningún lugar seguro de sus antiguos camaradas vengativos, excepto quizás por el único escondite que decide: su hermana. Después de resultar posiblemente herido de muerte, Hayate es capaz de transferir su alma al cuerpo de su hermana, compartiéndolo temporalmente con ella. Su hermana, Shiori, puede despertar a Hayate y recurrir a sus habilidades ninja cuando los Shinogara estén cerca, pero cada vez que lo hace, pierde un poco más de su verdadero ser. Este arreglo no puede durar para siempre, así que ¿cómo derrotará Hayate finalmente a los Shinogara?