Después de que Makoto Naegi y sus compañeros sobrevivientes escaparan de la Academia Pico de la Esperanza al mundo exterior, pronto se unen a la Fundación Futuro, una organización dedicada a combatir la desesperación. Justo cuando todo parece ir bien, Naegi es arrestado y juzgado por traición debido a defender a un grupo malicioso de Remanentes de la Desesperación. De pie ante todos los ejecutivos

Después de que Makoto Naegi y sus compañeros sobrevivientes escaparan de la Academia Pico de la Esperanza al mundo exterior, pronto se unen a la Fundación Futuro, una organización dedicada a combatir la desesperación. Justo cuando todo parece ir bien, Naegi es arrestado y juzgado por traición debido a defender a un grupo malicioso de Remanentes de la Desesperación. De pie ante todos los ejecutivos de la Fundación Futuro, él, junto a Kyouko Kirigiri y Aoi Asahina, se enfrenta a un destino desconocido. El asunto se intensifica cuando la supuestamente impenetrable seguridad de la organización es hackeada por un rostro familiar: Monokuma. Para horror de Naegi, el oso mecánico anuncia inmediatamente el comienzo de un nuevo juego de matanza, y momentos después, la primera víctima aparece como una señal para que la desesperación reanude su brutal conquista. Naegi, el Estudiante de Suerte de Súper Nivel de Preparatoria, debe una vez más desentrañar el misterio mientras sus colegas y amigos caen a su alrededor. Sin embargo, ya no hay juicios escolares; entre los 16 participantes desesperados, solo hay un asesino, y su muerte significa el fin de este juego infernal.