En el futuro, el agua ha cubierto gran parte de la Tierra debido a los efectos del calentamiento global. Maia Mizuki, una huérfana de 15 años, acaba de terminar la secundaria y ya ha solicitado empleo en la élite paramilitar de la Agencia Oceánica, parte del gobierno mundial futurista. Solo los mejores, más inteligentes y físicamente aptos estudiantes son elegibles para la admisión. Maia, la prota

En el futuro, el agua ha cubierto gran parte de la Tierra debido a los efectos del calentamiento global. Maia Mizuki, una huérfana de 15 años, acaba de terminar la secundaria y ya ha solicitado empleo en la élite paramilitar de la Agencia Oceánica, parte del gobierno mundial futurista. Solo los mejores, más inteligentes y físicamente aptos estudiantes son elegibles para la admisión. Maia, la protagonista de la serie, está destinada a convertirse en una de las pocas. Pero su vida ideal se desmorona rápidamente. Para su decepción, Maia falla inesperadamente sus exámenes de ingreso. Para empeorar las cosas, es desalojada de su casa, le roban la cartera, la toman como rehén y luego le disparan. Es "rescatada" por dos mujeres (Rena y Shizuka) que forman parte de una organización poco ortodoxa de ayuda a sueldo llamada Nereidas (inspirada en las Nereidas de la mitología griega). Sin tener a dónde ir, Maia se une a las Nereidas, asumiendo trabajos que van desde capturar criminales buscados hasta perseguir gatos callejeros, a menudo con resultados inesperados. Gloria y Yu se unen más tarde a las Nereidas. "Daphne" en el título se refiere a una subtrama que comienza a mitad de la serie y que eventualmente se vuelve importante para Maia. "Brilliant Blue" se refiere al hecho de que este es un mundo cubierto de agua con casi nada de tierra. El mundo consiste en vastos océanos, algunas islas y ciudades flotantes.