En la historia se explica que han pasado 1.000.000 de años desde la última vez que los Dino Knights derrotaron a los Dragozaurs. Los Dragozaurs han regresado, y un chico llamado Kaito los ha despertado. La batalla entre los Dino Knights y los Dragozaurs comienza una vez más, mientras los Dino Knights impiden que los Dragozaurs roben la fuerza vital de la Tierra.