Esta temporada es una continuación directa de Zero Duel Masters con el mismo escenario alternativo, trama y personajes. La única diferencia entre ambas temporadas fue el cambio de animación 2D a 3DCGI. Continúa después del duelo de Shobu contra Hakuoh, revelando más tarde que Hakuoh y Jura estaban cooperando con el antagonista principal de la serie: el Profesor March, quien busca controlar a toda

Esta temporada es una continuación directa de Zero Duel Masters con el mismo escenario alternativo, trama y personajes. La única diferencia entre ambas temporadas fue el cambio de animación 2D a 3DCGI. Continúa después del duelo de Shobu contra Hakuoh, revelando más tarde que Hakuoh y Jura estaban cooperando con el antagonista principal de la serie: el Profesor March, quien busca controlar a todas las criaturas obteniendo todos los Orbes de Duelo.