Tetsurou Hoshino es un chico obsesionado con conseguir un cuerpo mecánico inmortal para vengar el asesinato de su madre a manos del hombre-máquina, el Conde Mecha. Sin embargo, debido al increíble costo de obtener lo que busca, su única esperanza es robar un pase de abordaje para el Galaxy Express 999, un tren espacial que viaja por la galaxia y cuya parada final es un planeta donde los reemplazos

Tetsurou Hoshino es un chico obsesionado con conseguir un cuerpo mecánico inmortal para vengar el asesinato de su madre a manos del hombre-máquina, el Conde Mecha. Sin embargo, debido al increíble costo de obtener lo que busca, su única esperanza es robar un pase de abordaje para el Galaxy Express 999, un tren espacial que viaja por la galaxia y cuya parada final es un planeta donde los reemplazos de metal se otorgan de forma gratuita. Tras robar un pase, Tetsurou es perseguido por la policía y termina colapsando en los brazos de una misteriosa mujer llamada Maetel, quien se parece mucho a su madre. Una vez que despierta, ella le dice al chico que le proporcionará acceso al 999 siempre que acepte viajar con ella. Aceptando su proposición, Tetsurou aborda el ferrocarril cósmico con Maetel y comienza un viaje a través de la galaxia.