Kanji Sasahara es un universitario introvertido que solo busca un lugar donde encajar. Un día, se topa con el club conocido como la Sociedad para el Estudio de la Cultura Visual Moderna, también conocido como Genshiken, que sirve para unir todo el espectro de la cultura otaku. Sin embargo, su primera visita al club no termina bien, ya que el orgullo de Sasahara es aplastado por su superior, Haruno

Kanji Sasahara es un universitario introvertido que solo busca un lugar donde encajar. Un día, se topa con el club conocido como la Sociedad para el Estudio de la Cultura Visual Moderna, también conocido como Genshiken, que sirve para unir todo el espectro de la cultura otaku. Sin embargo, su primera visita al club no termina bien, ya que el orgullo de Sasahara es aplastado por su superior, Harunobu Madarame, y abandona la reunión negando por completo su naturaleza otaku. No obstante, después de hacerse amigo del miembro del club Makoto Kousaka, quien resulta ser un otaku empedernido a pesar de su apariencia, Sasahara se involucra más en las actividades del club, que incluyen obsesionarse con sus animes favoritos, leer doujinshi y asistir a convenciones. Allí, conoce a otras personas interesantes como la novia de Kousaka, Saki Kasukabe, una ferviente no-otaku, que se esfuerza por convertir a su novio en un "chico normal". Mientras Saki lucha por comprender la cultura otaku y el amor de su novio por ella, Sasahara se encuentra disfrutando su tiempo en Genshiken, desprendiéndose gradualmente de cualquier negación que alguna vez tuvo sobre ser otaku y sumergiéndose en un estilo de vida otaku.