Tras el cierre del caso "Laughing Man", la Sección 9 es restablecida por la recién elegida Primer Ministra de Japón, Youko Kayabuki, para combatir la persistente amenaza del ciberterrorismo. Un grupo autodenominado "The Individual Eleven" ha comenzado a cometer actos de terrorismo en todo Japón. Mientras Motoko Kusanagi, Daisuke Aramaki, Batou y los demás miembros de la Sección 9 investigan esta

Tras el cierre del caso "Laughing Man", la Sección 9 es restablecida por la recién elegida Primer Ministra de Japón, Youko Kayabuki, para combatir la persistente amenaza del ciberterrorismo. Un grupo autodenominado "The Individual Eleven" ha comenzado a cometer actos de terrorismo en todo Japón. Mientras Motoko Kusanagi, Daisuke Aramaki, Batou y los demás miembros de la Sección 9 investigan esta nueva amenaza, el gobierno japonés se enfrenta a una crisis separada, ya que refugiados extranjeros desplazados por la Tercera Guerra Mundial buscan asilo en Japón. Pero a medida que los miembros del equipo de operaciones especiales se cruzan continuamente con Gouda Kazundo, un miembro destacado del Servicio de Inteligencia del Gabinete, en su cacería, comienzan a sospechar que él podría estar involucrado, y que los eventos de la crisis de refugiados y "The Individual Eleven" podrían estar más conectados de lo que creen...