Kei Narutani y su amiga de la infancia, Song Minghua, son refugiados chinos que huyen de los Zai, una organización misteriosa que aterroriza indiscriminadamente su país y a su gente. Afortunadamente, durante su escape a Japón, son salvados por una extraña aeronave roja. La fascinación de Kei por esta aeronave lo lleva a conocer a su salvadora: una chica que es un "Anima", la piloto de un tipo úni

Kei Narutani y su amiga de la infancia, Song Minghua, son refugiados chinos que huyen de los Zai, una organización misteriosa que aterroriza indiscriminadamente su país y a su gente. Afortunadamente, durante su escape a Japón, son salvados por una extraña aeronave roja. La fascinación de Kei por esta aeronave lo lleva a conocer a su salvadora: una chica que es un "Anima", la piloto de un tipo único de avión llamado "Daughter". La chica se llama Gripen, un adorable avión de combate JAS-39F. Kei desarrolla un vínculo con Gripen y es reclutado por las Fuerzas de Autodefensa de Japón para ayudar a Gripen a superar sus problemas para volar. Más tarde, se les unen Eagle, un despreocupado F-15J-ANM, y Phantom, un orgulloso RF-4EJ-ANM. El escuadrón toma las armas, decidido a proteger a la humanidad. Juntos, los cinco individuos luchan contra los invasores Zai, formando la última línea de defensa contra la amenazante fuerza alienígena.