Han pasado otros 100 años desde el final de Harukanaru Toki no Naka de 2 (200 años después del anime original). En el pasado, mientras que en el futuro ha transcurrido muy poco tiempo. Un día, Kasuga Nozomi se encuentra con un chico extraño en su escuela secundaria, quien la envía a través del tiempo y el espacio a Kyou, un lugar en otro mundo que se parece mucho a Kioto hacia el final del período

Han pasado otros 100 años desde el final de Harukanaru Toki no Naka de 2 (200 años después del anime original). En el pasado, mientras que en el futuro ha transcurrido muy poco tiempo. Un día, Kasuga Nozomi se encuentra con un chico extraño en su escuela secundaria, quien la envía a través del tiempo y el espacio a Kyou, un lugar en otro mundo que se parece mucho a Kioto hacia el final del período Heian. Allí, el clan Minamoto ("Genji"), liderado por Minamoto no Yoritomo, está en guerra con el clan Taira ("Heike"), liderado por Taira no Kiyomori. Los Heike esperan derrotar a los Genji liberando espíritus vengativos para perturbar el flujo natural de energía de la tierra y aterrorizar la región. El chico resulta ser la forma humana de Hakuryuu, el Dios Dragón Blanco que protege Kyou, quien está debilitado por la presencia de los espíritus vengativos. Como la Hakuryuu no Miko (Sacerdotisa del Dios Dragón Blanco), Nozomi se alía con los Genji porque Hakuryuu no puede enviarla a casa hasta que su poder sea restaurado...