Han pasado varios meses desde el incidente de la Jewel Seed, y Nanoha Takamachi se prepara para dar la bienvenida a Fate Testarossa de vuelta de su juicio con la Oficina Administrativa. Habiendo recibido una clemencia condicional por su papel en la prevención de la crisis, a Fate se le ha permitido asistir a la escuela con Nanoha. Sin embargo, antes de que las dos chicas puedan adaptarse a su vida

Han pasado varios meses desde el incidente de la Jewel Seed, y Nanoha Takamachi se prepara para dar la bienvenida a Fate Testarossa de vuelta de su juicio con la Oficina Administrativa. Habiendo recibido una clemencia condicional por su papel en la prevención de la crisis, a Fate se le ha permitido asistir a la escuela con Nanoha. Sin embargo, antes de que las dos chicas puedan adaptarse a su vida cotidiana juntas, un grupo de magos oscuros desciende repentinamente sobre ellas. Superadas por sus atacantes desconocidos, Nanoha y Fate ven su mana absorbido por un ominoso grimorio, y tanto Raising Heart como Bardiche resultan dañados en el proceso. Los responsables de esta emboscada son conocidos como los Wolkenritter, y sus cuatro miembros—Vita, Signum, Shamal y el familiar Zafila—fueron convocados por el Book of Darkness para cumplir sus malignos designios. La actual dueña del libro es la joven Hayate Yagami, ajena a su verdadera naturaleza, mientras que los Wolkenritter, cargando su poder con el mana robado a la fuerza, están obligados a buscar la finalización del tomo. Sin fuerzas y desarmadas, Nanoha y Fate deben competir contra el tiempo para recuperar su poder y enfrentarse a los Wolkenritter, con el objetivo de impedir que el cuarteto termine el Book of Darkness y desate su devastadora magia sobre el mundo.