La historia de Mushi-uta se desarrolla en un futuro cercano. Diez años antes del inicio de la trama, comenzaron a aparecer extrañas criaturas parecidas a insectos conocidas como "Mushi". Los Mushi son capaces de consumir los sueños y pensamientos de las personas a cambio de poderes sobrenaturales. Al final del primer episodio, el protagonista, Daisuke "Kakkou" Kusuriya, se encuentra con una joven

La historia de Mushi-uta se desarrolla en un futuro cercano. Diez años antes del inicio de la trama, comenzaron a aparecer extrañas criaturas parecidas a insectos conocidas como "Mushi". Los Mushi son capaces de consumir los sueños y pensamientos de las personas a cambio de poderes sobrenaturales. Al final del primer episodio, el protagonista, Daisuke "Kakkou" Kusuriya, se encuentra con una joven llamada Shiika Anmoto. Con el tiempo, ambos se vuelven bastante cercanos. Sin embargo, sin que Kakkou lo sepa, Shiika es una fugitiva de una prisión secreta conocida como GARDEN, donde se retiene a los poseídos por los Mushi, conocidos como Mushitsuki. La fuerza militar de GARDEN, la Oficina Ejecutiva de Conservación Ambiental Especial, envía a su mejor asesino para rastrear a Shiika. Sin embargo, se enfrentan a la resistencia de la organización Mushibane, liderada por la misteriosa "Ladybird".