Silencioso, apático y travieso a la vez, Rokujou Miharu, de 14 años, es el portador del hijutsu "Shinrabanshou", una poderosa técnica que muchos clanes ninja desean para poder convertirse en el gobernante de Nabari. Su compañero de clase Kouichi Aizawa y su profesor de inglés Thobari Durandal Kumohira son secretamente ninjas del clan Banten que se han comprometido a proteger a Miharu de sus numero

Silencioso, apático y travieso a la vez, Rokujou Miharu, de 14 años, es el portador del hijutsu "Shinrabanshou", una poderosa técnica que muchos clanes ninja desean para poder convertirse en el gobernante de Nabari. Su compañero de clase Kouichi Aizawa y su profesor de inglés Thobari Durandal Kumohira son secretamente ninjas del clan Banten que se han comprometido a proteger a Miharu de sus numerosos atacantes. Manteniendo su apatía, Miharu intenta rechazar su invitación a unirse a su "club" ninja. Sin embargo, tras numerosos ataques, no le queda más remedio que unirse a su grupo como medio de supervivencia. Lentamente, Miharu se acerca cada vez más a convertirse en el gobernante de Nabari.