Anteriormente asistente del Profesor Platane de Ciudad Lumiose, Alain y su Lizardon emprenden un viaje para volverse aún más fuertes, dominando los poderes de la megaevolución. Investigando los misterios de este fenómeno, por orden del enigmático Lysson, Alain y Lizardon viajan por Kalos y Hoenn en busca de entrenadores capaces que puedan usar la megaevolución para mejorar, así como ayudar a Lysso

Anteriormente asistente del Profesor Platane de Ciudad Lumiose, Alain y su Lizardon emprenden un viaje para volverse aún más fuertes, dominando los poderes de la megaevolución. Investigando los misterios de este fenómeno, por orden del enigmático Lysson, Alain y Lizardon viajan por Kalos y Hoenn en busca de entrenadores capaces que puedan usar la megaevolución para mejorar, así como ayudar a Lysson con su investigación. En el camino, conocen a una joven llamada Lilia, quien junto a su Harimaron, decide acompañar a Alain, a lo que él accede a regañadientes. Pokémon XY: Megaevolución sigue a Alain y Lizardon en su viaje para convertirse en los usuarios más fuertes de la megaevolución, mientras también luchan contra monstruos legendarios para proteger las ambiciones de Lysson, así como la seguridad de aquellos que más le importan.