En el año 2025, unos autómatas llamados Kikou aparecen repentinamente y atacan a los seres humanos, dejando muchas ciudades completamente devastadas. La civilización humana queda en ruinas, pero luego se encuentra un resto de un Kikou en Japón. Se establece un centro de investigación llamado Tokyo Kikou Institute (Toukigen) para investigar las armas de los Kikou. Siguiendo el proverbio "usar venen

En el año 2025, unos autómatas llamados Kikou aparecen repentinamente y atacan a los seres humanos, dejando muchas ciudades completamente devastadas. La civilización humana queda en ruinas, pero luego se encuentra un resto de un Kikou en Japón. Se establece un centro de investigación llamado Tokyo Kikou Institute (Toukigen) para investigar las armas de los Kikou. Siguiendo el proverbio "usar veneno para derrotar veneno", usar Kikou para derrotar Kikou parece ser la última esperanza de la humanidad. Nueve años después, se crea una nueva arma llamada Muttsu a partir de la investigación, y está casi lista para ser usada en combate real. Un chico, Rin Sagami, y una chica, Yuzuru Midou, son elegidos para pilotar el Muttsu. Se les confían las esperanzas para el futuro de la humanidad, pero enfrentan la misión con valentía. Sin embargo, lo que espera a los dos es un destino cruel.