En el año 2220, una crisis se cierne sobre la Tierra con la expansión de un agujero negro errante. Se concibe un plan para trasladar a más de 300 millones de personas fuera del planeta. Cuando la más reciente flota de transporte es atacada, la Nave de Guerra Espacial Yamato acude en su defensa. La nave ahora es comandada por Susumu Kodai, y a bordo se encuentra también su hija Miyuki, hija de Susu

En el año 2220, una crisis se cierne sobre la Tierra con la expansión de un agujero negro errante. Se concibe un plan para trasladar a más de 300 millones de personas fuera del planeta. Cuando la más reciente flota de transporte es atacada, la Nave de Guerra Espacial Yamato acude en su defensa. La nave ahora es comandada por Susumu Kodai, y a bordo se encuentra también su hija Miyuki, hija de Susumu y Yuki.