Han pasado tres años después de la batalla decisiva al final de Yamato Takeru y la paz ha regresado a la tierra. Takeru, Oto y sus amigos regresan a la aldea y continúan viviendo sus días en dicha hasta que una noche Shuranoo, pilotado por Mikazuchi, anuncia su regreso y aparece en la aldea para causar estragos. Takeru no tiene otra opción y se ve obligado a reactivar al Susanoo sellado de su leta

Han pasado tres años después de la batalla decisiva al final de Yamato Takeru y la paz ha regresado a la tierra. Takeru, Oto y sus amigos regresan a la aldea y continúan viviendo sus días en dicha hasta que una noche Shuranoo, pilotado por Mikazuchi, anuncia su regreso y aparece en la aldea para causar estragos. Takeru no tiene otra opción y se ve obligado a reactivar al Susanoo sellado de su letargo. Sin embargo, esto es solo el comienzo de una nueva amenaza, y Takeru debe superarse a sí mismo si quiere rescatar a Oto del peligro inminente.