Mientras viaja con Jack Atlas y Crow Hogan, Stardust Dragon de Yuusei Fudou es capturado por Paradox, un misterioso Turbo Duelista del futuro, durante un Turbo Duelo y convertido en un Monstruo Pecado. Con la ayuda del Dragón Carmesí, Yuusei persigue a Paradox mientras este entra en un salto temporal, terminando en el pasado. Durante este tiempo, Paradox se enfrenta a Jaden Yuki, quien aún puede u

Mientras viaja con Jack Atlas y Crow Hogan, Stardust Dragon de Yuusei Fudou es capturado por Paradox, un misterioso Turbo Duelista del futuro, durante un Turbo Duelo y convertido en un Monstruo Pecado. Con la ayuda del Dragón Carmesí, Yuusei persigue a Paradox mientras este entra en un salto temporal, terminando en el pasado. Durante este tiempo, Paradox se enfrenta a Jaden Yuki, quien aún puede usar los poderes de Yubel y The Supreme King. Sin embargo, para esta época Paradox también había capturado a Cyber End Dragon y Rainbow Dragon, y abruma a Jaden. Este es salvado gracias a Yuusei y al Dragón Carmesí. Jaden le informa a Yuusei sobre las verdaderas intenciones de Paradox. Al robar varios monstruos a través del tiempo y corromperlos, planea matar a Maximillion Pegasus, el creador de Duel Monsters, evitando la creación del juego y provocando que los eventos de las tres series nunca sucedan. Yuusei y Jaden acuerdan perseguir a Paradox, lo que los lleva al pasado y provoca un encuentro con el Rey de los Juegos, Yuugi Mutou. Sin embargo, para cuando Yuusei y Jaden llegan, Paradox ya había atacado su tiempo, supuestamente matando tanto a Pegasus como al abuelo de Yuugi, y también había logrado robar Blue-Eyes White Dragon y Red-Eyes Black Dragon. Después de explicarle todo a Yuugi, este acepta luchar junto a Yuusei y Jaden contra Paradox en el duelo definitivo de tres contra uno para liberar a los monstruos atrapados y salvar tanto al mundo como al tiempo mismo antes de que sea demasiado tarde.